סיינטולוגיה מכבדת את כל הדתות. היא חולקת עם דתות אחרות את החלומות של שלום וגאולה. לפי עקרונות האמונה של דת הסיינטולוגיה, "לכל בני האדם יש זכויות שלא ניתן לשלול מהם לבחור את התחומים הדתיים שלהם ולעסוק בהם".
ברמה הממסדית, הארגון ידוע בעבודתו הקהילתית הבין-דתית בשיתוף עם כל הדתות. ברמה האישית, התקנון המוסרי שסיינטולוגים נוהגים לפיו קובע בפירוש:
-
"כבד את אמונותיהם הדתיות של אחרים".
-
"סובלנות היא אבן פינה טובה שעליה אפשר לבנות יחסי אנוש".
-
"כשבוחנים את הטבח והייסורים שנגרמו עקב חוסר סובלנות דתית לאורך כל ההיסטוריה של האדם ועד ימינו, אפשר לראות שחוסר סובלנות היא פעילות מאוד לא הישרדותית".
-
"סובלנות דתית לא אומרת שאדם לא יכול לבטא את אמונותיו האישיות. היא אומרת שהניסיון לערער או לתקוף את אמונותיו הדתיות של אחר היה תמיד קיצור דרך לצרות".
-
"יכולות להיות מחלוקות רבות בדרך אל האושר כשלא מכבדים את אמונותיהם הדתיות של אחרים".
בימינו נתונה הדת להרבה מחשבה ביקורתית ולדיון. אך עם זאת, ההשפעה המתרבתת שלה חשובה כיום מאי פעם. ל. רון האברד גרס כי דת היא המאפיין הראשון של שייכות לקהילה:
"כאשר לדת אין השפעה בחברה או שמפסיקה להיות לה השפעה, המדינה יורשת את כל הנטל של מוסריות הציבור, הפשיעה וחוסר הסובלנות. ואז היא חייבת להשתמש בענישה ובמשטרה. עם זאת, זה לא דבר מוצלח כי אם המוסריות, השלמות האישית וההערכה העצמית לא טבועות כבר באדם, אי אפשר לכפות אותן בהצלחה מרובה. רק באמצעות מוּדעוּת רוחנית והחדרת ערכן הרוחני של הסגולות האלה אפשר לגרום להן להתקיים. חייבת להיות סיבה טובה יותר ומוטיבציה רגשית רבה יותר להיות מוסרי מאשר איום בפעולות משמעת על האדם".
