גברים ונשים בארגון הימי רשאים להתחתן, אבל אם הם רוצים להביא ילדים, הם עושים זאת מחוץ לארגון הימי.
הארגון הימי הוא מסדר דתי חדש יחסית, שנוסד ב-1967, ועד 1976 הוא היה ממוקם על כלי שיט בים בלי ילדים קטנים על הסיפון. כשהארגון הימי עבר ליבשה ב-1976, לא היה לו כל ניסיון עם ילדים, אבל כאשר לחברים בו נולדו ילדים, המסדר סיפק מתקנים לטפל בהם. ב-1986, אחרי עשר שנות ניסיון עם ילדים, נעשה ברור שחובותיו של חבר בארגון הימי לא מתאימות לגידול ילדים. לדוגמה, חבר בארגון הימי חייב להיות חופשי לנסוע בהתראה קצרה ולפעמים לתקופות ארוכות, וזה לא מסתדר עם הורות לילדים קטנים.
לפיכך, ב-1986 הונהגה מדיניות שלפיה לחברי הארגון הימי שרוצים ילדים תוענק חופשה מאושרת מהמסדר עד שילדיהם יגיעו לגיל בגרות. מהבחינה הזאת, הארגון הימי אינו שונה ממסדרים דתיים אחרים.
זה בשום אופן לא אומר שהאדם מפסיק להיות חבר בדת. האדם פשוט ימשיך להיות סיינטולוג'יסט ללא מעמד כחבר בארגון הימי ויעסוק באיזו קריירה שיבחר. ברגע שהילדים יגדלו או יגיעו לגיל שבו הם יכולים לבחור להצטרף לארגון הימי בעצמם, ההורים מוזמנים לחזור לארגון הימי.
לחברי הארגון הימי שהביאו ילדים לפני שהמדיניות של המסדר הדתי השתנתה ב-1986, נבנו בתי-ספר כדי לספק לילדים חינוך טוב ולדאוג להם. לדוגמה, במשך כמה שנים ה-Church of Scientology International הפעילה פנימיות פרטיות עבור הילדים של חברי הארגון הימי במחוזות ריברסייד ולוס-אנג'לס. בדומה לכך, הארגון הימי סיפק לימודי בית-ספר לילדים של חברי הארגון הימי בפלורידה ובניו-יורק, וגם במתקנים של הארגון הימי מחוץ לארצות-הברית. כל ילד שלמד בבתי-הספר האלה נשלח לשם לפי בקשתם המפורשת של הוריו.
היום, אם אדם עם ילדים שהם קטינים רוצה להצטרף לארגון הימי, הילדים חייבים להיות כשירים לארגון הימי ולרצות להצטרף מתוך הדטרמיניזם שלהם עצמם. הגיל המינימלי של חברי הארגון הימי הוא לרוב הגיל המינימלי שבו מותר לאדם לעבוד באופן חוקי באותה מדינה. דת ה-Scientology פועלת לפי כל חוקי העסקת הילדים, ונאסר על חברי הארגון הימי הקטינים לבצע משימות או לעבוד שעות ארוכות יותר ממה שהחוק מתיר.
קטינים רשאים להצטרף לארגון הימי מרצונם החופשי, עם הסכמת הורה או אפוטרופוס ובאישור ההורים. ברגע שהקטין הצטרף לארגון הימי, אם הוריו אינם חברים בארגון הימי בעצמם, הוא חייב בנוסף לכך לקבל מישהו שימונה כאפוטרופוס עבורו באישור ההורים.
הארגון הימי מספק מתקני חינוך לחברים קטינים בארגון הימי שעדיין צריכים להשלים את דרישות הלימודים. מדובר בחברים קטינים בארגון הימי שהגיעו לגיל שבו מותר להם לעבוד, בדרך כלל גילאי 16 עד 18. במקומות שבהם החוקים המקומיים מגבילים את מספר שעות העבודה לקטינים, לוחות הזמנים שלהם מותאמים בהתאם. כל שטח שיפוט הוא שונה. הלימודים מתקיימים במשך מספר השעות הנדרש על פי החוק.
